feat(rag): 服务层接线（上传即索引 + use_rag 异步链路 + 强 e2e）

docs/design.md

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 ### 12.8 WebSocket 实时进度流（2026-08-29，分支 feat/websocket-progress）
 
 新增 `ProgressHub` 进程内发布/订阅单例 + `/api/sessions/{sid}/ws` 端点 + `chat_ws.js` 前端实时渲染；进度/错误事件实时推送，既有 `role='progress'/'error'` 持久化兜底保留（重载仍可见）。**单进程假设**：hub 为进程内单例，多 worker 部署下跨进程不互通（后续可迭代 Redis 总线）。
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+## RAG 影响调查接入说明（Task 5，2026-08-29）
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+影响调查 Agent 接入可选 RAG 检索能力（既有系统源码 -> 检索上下文注入 LLM 影响分析 prompt），详见 `src/genesis/rag/` 与 `src/genesis/impact/impact_agent.py` 的 `run_impact`。
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+- **scope = session_id**：每个会话的既有系统源码独立索引到 `RagStore` 的同一 scope，互不串扰。
+- **上传即索引（D1）**：`GenesisService.upload_file` 在 `file_type == "existing_system"` 且 `self.rag is not None` 时，解压完成后立即调用 `self.rag.index_dir(session_id, path)`；索引异常仅记录日志（`_LOGGER.warning`）不阻断上传。
+- **`use_rag` 默认关闭**：`GenesisService` 构造参数 `use_rag` 默认 `False`，`rag=None` 表示不启用（向后兼容）。`run_impact(session_id, use_rag=None)` 中 `eff = self.use_rag if use_rag is None else use_rag`；仅当 `eff 且 self.rag is not None` 时走 LLM+RAG 路径，否则走原确定性 `ImpactAgent().run(...)` 路径（行为不变）。
+- **异步链路**：`run_impact` 为 `async def`，RAG 路径 `await ImpactAgent(engine=..., rag=..., use_rag=True).run_impact(...)`；`app.start_impact` 端点同步改为 `async def` 并 `await service.run_impact(sid, use_rag=use_rag)`；`chat/agent.py` 调用处以 `asyncio.run(...)` 包裹以兼容同步消息处理。
+- **线程安全（D2）**：`RagStore` 构造使用 `sqlite3.connect(db_path, check_same_thread=False)` 并加 `threading.Lock`，读写均加锁串行化，适配 Web 服务端 worker 线程复用连接。
+- **向后兼容**：`use_rag=False` 时 prompt 不含 RAG 小节标题（`_RAG_CONTEXT_TITLE`），影响报告为确定性 `impact-report.json`，不调用 LLM。